مركز مطالعات و همکاری‌های علمی بین‌المللی با مشارکت بخش همکاری و فعالیت فرهنگی سفارت فرانسه در ایران (SCAC ) مجری برنامه پژوهشی جندی‌شاپور است.
هدف این برنامه که از سال 1383 آغاز شده است ارتقا و گسترش همکاری‌های پژوهشی علمی و فنی پیشرفته میان پژوهشگران دو کشور ایران و فرانسه است. برنامه شامل پروﮊه‌های مشترک پژوهشی گروه‌های ایرانی و فرانسوی در تمامی زمینه‌ها، به ویژه علوم انسانی و اجتماعی (حقوق، اقتصاد و مدیریت)، علوم پزشکی، علوم پایه، علوم محیط زیست و زیست‌شناسی است. فراخوان ارائه درخواست پروژه‌های مشترك دو كشور همزمان در ایران توسط مركز مطالعات و همکاری‌های علمی بین‌المللی و در فرانسه توسط موسسه کامپوس فرانس منتشر می‌شود و درخواست‌های پروژه‌های مشترك تحقیقاتی (پروژه‌های جاری یا جدید) به طور همزمان در دو كشور بررسی می‌شوند. ارزیابی نهایی به عهده كمیته مختلط دو كشور است. در صورت تصویب پروژه مشترک، هزینه سفر طرف ایرانی به فرانسه از طرف مرکز مطالعات و همکاری‌های علمی بین‌المللی، و هزینه سفر طرف فرانسوی به ایران از طرف موسسه کامپوس فرانس پرداخت می‌شود. در مقابل، سالانه گزارشی از پیشرفت پروژه و فعالیت‌های انجام شده در خصوص چاپ مقالات و انتشار نتایج پژوهش در اختیار مركز قرار می‌گیرد و در مقالات چاپ شده نام مركز مطالعات و همکاری‌های علمی بین‌المللی و همچنین بخش فرهنگی سفارت فرانسه ذکر می‌شود. قابل ذكر است كه تأمین اعتبارات و بودجه مربوط به تحقیقات پروژه مشترك به عهده خود مؤسسات و نهادهای مرتبط خواهد بود و مرکز تنها از ارتباط بین مراکز علمی دو کشور حمایت می‌کند.
مركز در انتخاب پروژه‌های برنامه جندی‌شاپور برای موارد ذیل اولویت قائل است:
فراخوان شرکت در برنامه جندی‌شاپور
منبع: مركز مطالعات و همکاری‌های علمی بین‌المللی